Para evitar que ingresen al país plagas y enfermedades en productos y subproductos de origen agropecuario, los cuales pondrían en riesgo la sanidad agropecuaria, el Ministerio de Agricultura Ganadería y Alimentación (MAGA) en coordinación con el Organismo Internacional de Sanidad Agropecuaria (ORISA), mantienen vigilancia en los Puestos de Control de Cuarentena Agropecuaria ubicados en el aeropuerto internacional La Aurora.
La movilización de estas mercancías constituye un elemento de riesgo, debido a que pueden trasportar organismos como plagas insectiles, semillas de maleza, moluscos, entre otros, los que, sin estar directamente asociadas a los productos que se transbordan, son movilizados por el mundo en aeronaves y por miles de turistas que arriban al país. Por ello, el Servicio de Protección Agropecuaria realiza inspecciones no intrusivas por medio de las Unidades Caninas y con oficiales de inspección adscritos a los puestos de control.
Los Puestos de Control de Cuarentena Agropecuaria se encargan de ver las importaciones y exportaciones de origen animal y vegetal, así como de la inspección de mascotas que arriban y salen de Guatemala. El personal de estos puestos vela por el cumplimiento de los requisitos para su importación y exportación.
Otro factor de riesgo importante son los fenómenos climatológicos, como huracanes, sequías e inundaciones, derivados del Cambio Climático, que pueden facilitar el surgimiento de plagas y enfermedades de cultivos y animales. Estos se pueden diseminar en la región y los controles previenen que esto ocurra.
