Fue el 3 de mayo del año 2005 que entró en vigencia el Decreto 32-2005 del Sistema Nacional de Seguridad Alimentaria y Nutricional (SINASAN), que creó el Consejo de Seguridad Alimentaria y Nutricional (CONASAN) y la Secretaría de Seguridad Alimentaria y Nutricional de la Presidencia de la República (SESAN), con el objetivo de coordinar las acciones para la prevención de la malnutrición y fortalecer las medidas que garanticen la Seguridad Alimentaria (SAN) de la población.
La Secretaría es el resultado de un arduo trabajo metódico que se realizó para poder implementar los planes y políticas en SAN, y con ello llegar, principalmente, a la población más vulnerable del país que se ve afectada por la desnutrición aguda y crónica, y que también se ve afectada por los malos hábitos alimenticios que generan otras enfermedades crónicas como la obesidad y el sobrepeso.
La SESAN surge como el órgano de coordinación del SINASAN y tiene la responsabilidad como dicho, de concertar la operación interministerial del Plan Estratégico de Seguridad Alimentaria y Nutricional (PESAN). Asimismo, tiene que organizar aquellos programas y proyectos que realizan otras instituciones gubernamentales en dicha materia. La SESAN obedece y ejecuta las directrices y lineamientos que son trazados por el CONASAN, y tiene la demanda de presentar las políticas y actualizaciones concernientes a su materia, para su posterior aprobación.